A Szabadkai Zeneiskolát 1868-ban alapították. Megalapítását követően csak három területen folyt az oktatás: ének-, hegedű- és cselló szakon. Minden szaknak megvolt a saját vezető tanára. A tanítás négy évig tartott, ebből az első kettő képezte az alsófokú, a második kettő a felsőfokú tanfolyamot. Az Iskola 9 éves koruktól fogadta a tanulókat – akik már tudtak írni és olvasni, és természetesen akiknek jó hallásuk volt. Az Iskolát a gimnázium igazgatóságára bízták, mivel az iskola kezdetben ennek az intézménynek a keretein belül működött. (A Zeneiskolának még sokáig nem lesz saját épülete). A Zenede első tanárai – Souschek Vince, Allaga Géza és Leonhard Barbaro – mindannyian a Szent Teréz székesegyház zenekarának a tagjai.
1874-ben megnyílt a fúvós tanszak is, amelynek vezetését a Szent Teréz templom kórusának karmesterére – regens chori – bízzák, és az Iskolába új tanárok is érkeznek. A vonósok tanítását Bodrogi Károly vállalja, a fúvósokat Sárvári Mihály, az énekeseket pedig az új igazgató, Kunert Ferenc tanítja; majd a következő évtől Souschek Vince. Első adataink is ebből az évből származnak: 1875-ben az iskolába 71 tanuló iratkozott.
Az első okleveles tanár, aki képesítését a budapesti Zeneakadémián szerezte, Gaál Ferenc volt, aki 1882. október 1-től haláláig állt az intézmény élén. A kitűnő zongorista, és nem csak Magyarországon, hanem külföldön is elismert zenei szakember több szerb zeneszerzővel is kapcsolatban állt, minek következtében szerzeményein megfigyelhetőek a szerb és más délszláv népek népzenei hatásai.
Gaál Ferencnek csak hosszas küzdelem után sikerült elérnie, hogy 1890-ben végre megnyíljon a zongora szak, amelyre ebben az időben már igen nagy igény mutatkozott Szabadkán. Ezt a szakot ő maga vezeti, és a legtehetségesebb növendékeit a budapesti Zeneakadémián vizsgáztatja le. Mivel a Zenedének ekkor még mindig nincs saját épülete, a tanulók hangversenyeit – ahogy a Szabadkán fellépő más művészek koncertjeit is – a gimnázium tornatermében, vagy pedig a Pest Szálló nagytermében tartják. Az év végi vizsgák nyilvánosak, ezért azok közönség előtt történnek, melynek soraiban sokszor megtalálhatjuk a város elöljáróságát is.
Gaál Ferenc 46 éves korában hunyt el. Az ő helyére érkezett 1907. március 1-én Lányi Ernő, aki ebben az időben már nagy előadóművészi (több hangszeren játszott), pedagógusi és szervezői tapasztalattal is rendelkezett. Zenei tanulmányait Bécsben, Párizsban és Budapesten végezte, s muzsikusként Európa több városában is működött. Szerzeményei közül leginkább a kórusműveknek volt legnagyobb sikere. Lányi Ernő a zongora-, vonós-, fúvós- és énekszak mellé kieszközölte még egy szak megnyitását: a zeneelméleti szakét; továbbá az alapfokú zeneiskola időtartamát kettőről háromra, a középfokúét pedig háromról négy évre növelte. Az Iskola tantervét összehangolta a budapesti Zeneakadémia tantervével, a tantestületbe pedig akadémiai képzettségű művészeket szerződtetett. Módszertani változásokat is alkalmaz: az 1908-ban meghozott iskolai szabályzat értelmében a hangszeres órákon már nem tartózkodhatott hatnál több tanuló – míg korábban ez a szám a tizet is elérhette. Lányi megalapította az Iskola zenei könyvtárát, kottatárát, valamint új hangszereket szerzett be, hogy aztán kiharcolhassa a legfőbb célt: az állandó helyet, azaz a Városi Tanácstól megkapja azt az épületet – a néhai Eötvös, ma Stroßmayer utcában – ahol a mái napig is működik az intézmény. Az időközben kitört háború ellenére az Iskola tanulóinak száma egyre növekedett. Különösen nagy volt az érdeklődés a zongora szakon, amelyre az 1917-es tanévben már 273 tanuló iratkozott. A tanárok száma pedig ekkor még mindig csak öt volt – beleértve az igazgatót is. Iskolai teendőin kívül Lányi a Szent Teréz székesegyház kórusának és zenekarának is a karmestere – regens chori – ahol szintén újításokat vezetett be. Az egyházi énekkar és zenekar létszámát megnöveli, úgy hogy az új tagokkal kiegészült énekkar és szimfonikus zenekar megtarthatta a városban az első szimfonikus hangversenyt – ezzel Lányi Ernő egyúttal megalapította 1908-ban a Szabadkai Filharmonikus Zenekart is. Lányi Ernő karvezetőként is igen eredményes munkát fejtett ki. Vezetésével a Szabadkai Dalegyesület Magyarország egyik legjobb kórusává vált, köszönve ezt annak, hogy karmestere közismert, neves egyénisége a magyar zenekultúrának a XX. század elejéről. Lányi Ernő tevékenységével nagyon sokat segített a város zenei életének felvirágoztatásában, különösen a Szabadkai Filharmónia megalapításával, amely olyan világhírű művészekkel is játszott, mint például Bartók Béla, Pablo Casals és még sokan mások.
Az első világháború befejezése után Szabadka a Szerb-Horvát-Szlovén Királyságba került, a Zeneiskola élére pedig Cvetko Manojlović állt, egy Szabadkán született zenész (a korábbi igazgatók közül egy sem volt itteni születésű). Manojlović zenei tanulmányait Szabadkán kezdte, majd Lipcsében végzi. Biničkivel és Mokranjaccal együtt Belgrádban megalapította az első szerb zeneiskolát 1899-ben, és itt válik Szerbia első közismert zongoratanárává. Cvetko Manojlović az igazgatást Lányi Ernőtől 1919. október 1-én vette át. A tanítás az iskolában a korábbi igazgató által előírt tanterv szerint folyt, azzal a különbséggel, hogy az alsófokú zenei oktatás négy évig tartott, a középfokú pedig hat évig. Változás a tanárok számában is történt, hiszen az érdeklődés az iskola iránt nőttön-nőtt. Az 1922/1923-as tanévben a tanulók száma a következőképpen alakult: az összesen 398 tanulóból (238 lány és 160 fiú) 312 zongora szakos, 93 hegedűs, brácsát 1 tanuló tanult, 26-an szólóéneket, valamint 9 tanuló összhangzattant (a későbbi elméleti szak). A nagy gazdasági válság idején ez a szám annyira megcsappant, hogy felvetődött a Zeneiskola megszüntetésének a kérdése is, amire azonban mégsem került sor.
A két világháború közti időszakban a SZHSZ Királyság és a régi Jugoszlávia több neves zenésze kezdte pályafutását a Szabadkai Zeneiskolában: Szegedi Sándor, Pap Lajos, Milan Dimitrijević – hegedűművész, Pálfi László, Krombholz Károly, Pataki Kora – zongoraművész, Dušan Miladinović karmester, Pinkava Iván karmester és még sokan mások.
Cvetko Manojlović nyugdíjba vonulását követően Hermann József hegedűtanár vállalta az igazgatói megbízást, aki akkor már mintegy húsz éve tanított a zenedében. A második világháború idején magyarországi tanárok kaptak kinevezést a Szabadkai Zeneiskolában, és az igazgatói székbe Szemlér István került, aki a budapesti Zeneakadémián végzett hegedű szakon. A tanítás ebben az időben ismét a Magyarországon elfogadott egységes tanterv szerint folyt. Ebben az időszakban a legjelentősebb változást a zeneóvoda megnyitása jelentette.
Miután a háború a városban 1944 októberében befejeződött, a Zeneiskola rövid szünet után ismét folytathatta a munkát.
A háború utáni első igazgató Straka Dezső volt, aki az igazgatói teendőket 1947-ben Milko (született Pataki) Corának adja át. Ő ekkor már igen tekintélyes zongoraművész, és rövidebb megszakítással ezen a munkahelyen dolgozik 1966-ig.
Szabadkát a háború utáni korszakban az igen élénk zenei élet jellemzi, s a zenei történések középpontjában természetesen ismét a Zeneiskola áll, mivel ez az intézmény szervez szinte minden hangversenyt a városban. A Szabadkai Filharmónia is egy ideig az iskola keretein belül fejti ki tevékenységeit. Az iskolában a zenei oktatáson kívül ekkor már balettot is tanulnak a hallgatók, és az operai stúdiumok részeként színészetet is. Így kerülhet sor arra, hogy az iskola fennállásának 80. évfordulóján (1948. március 31-én) az iskola tanulói majdnem teljes egészében előadhatták Ivan Zajc: “Nikola Šubić Zrinski” című operáját.
A Szabadkai Zeneiskola az országban az elsők között vállalja az úgynevezett nem klasszikus, de igen népszerű hangszereken való oktatást is, mint amilyenek a tambura és a harmonika. Mára viszont már a különböző jazz zenekarokban is előszeretettel alkalmazott szaxofonon, dobokon és más hangszereken is tanulhatnak az érdeklődők.
Az országban ez az egyetlen kétnyelvű zeneiskola, ahol párhuzamosan magyar és szerb nyelven folyik az oktatás. Milko Cora után hosszabb ideig vezette még az iskolát Peić Josip (1968-1975), majd Sándor Géza (1975-1979), Balázs Piri István (1979-2002), Skenderović Katarina (2002-2204), Antal István (2004-2012), Barlai Edit (2012-2017). Az Iskola igazgatója 2017-től Nikolić Dragana.