Muzička škola u Subotici je osnovana godine 1868. Ona je u početku imala samo tri odseka: odsek za pevanje, odsek za violinu i odsek za violončelo; i svaki odsek je imao svog nastavnika. Školovanje je trajalo četiri godine od kojih su prve dve činile niži a druge dve viši tečaj. U školu su se primala deca sa navršenih devet godina koja su znala da čitaju i da pišu – i koja su imala dobar sluh. Vođenje škole bilo je povereno direktoru gimnazije pošto se nastava u početku izvodila u prostorijama te ustanove. (Muzička škola dugo još neće imati svoju kuću.) Prvi nastavnici – Vjenceslav Soušek, Geza Alaga i Leonhard Barbaro – bili su članovi orkestra u crkvi svete Terezije.
Godine 1874. otvorio se i odsek za duvačke instrumente i na čelo ustanove bio je postavljen horovođa – regens chori – crkve svete Terezije, i u školu su došli novi nastavnici: gudački odsek je preuzeo Karolj Bodrogi, duvački odsek je vodio Mihalj Šarvari, a sa pevačima je radio novi direktor: Ferenc Kunert, tj. već od naredne godine Vjenceslav Soušek. Prve podatke o broju učenika imamo iz godine 1875, kada se upisao 71 učenik.
Prvi profesor sa diplomom Muzičke akademije u Budimpešti bio je Ferenc Gal, koji je od 1. oktobra 1882. pa sve do smrti rukovodio Školom. Gal je bio odličan klavirista a i kao kompozitor je bio cenjen i poznat ne samo u Mađarskoj već i izvan njenih granica. (Uticaj njegove veze sa srpskim muzičarima i sa muzikom drugih slovenskih naroda može se primetiti u više njegovih kompozicija.)
Galu je tek 189o. godine pošlo za rukom da izdejstvuje otvaranje odseka za klavir za koji se pokazivalo veliko interesovanje u Subotici. Vođenje tog odseka je preuzeo on sam, a najtalentovanije učenike je vodio u Budimpeštu i oni su tamo polagali svoje ispite. Pošto muzička škola još uvek nije imala svoju zgradu, koncerti učenika – a i stranih umetnika koji bi gostovali u gradu – održavali su se najčešće u fiskulturnoj sali (stare) gimnazije ili u velikoj sali hotela „Pešta”. (Godišnji ispiti su bili javni pa su se odigravali pred publikom, uz prisustvo rukovodstva grada.)
Gal je živeo svega 46 godina. Na njegovo mesto je 1. marta 19o7. godine došao Ernest Lanji. On je u to vreme već raspolagao sa velikim iskustvom i kao izvođač – svirao je nekoliko instrumenata – i kao pedagog, a i kao organizator. Muziku je učio u Beču, Parizu i Budimpešti, a radio je u mnogim gradovima Evrope. Od njegovih kompozicija najčešće su se izvodile one koje je napisao za razne vokalne sastave. Lanji je pored klavirskog, gudačkog , duvačkog i pevačkog odseka otvorio još jedan odsek: teoretski; a trajanje niže škole je povećao na tri, a srednje škole na četiri godine. Plan i program nastave je uskladio sa planom i programom Muzičke akademije u Budimpešti, a kolektiv škole je pojačao sa akademski obrazovanim muzičarima. Lanji je u školi osnovao muzičku biblioteku, nabavio nove instrumente i izborio je da muzička škola ima svoju stalnu zgradu – onu, u kojoj se ona i dan danas nalazi, u Štrosmajerovoj ulici. Uprkos ratu broj upisanih je stalno rastao. Naročito je veliko bilo interesovanje za klavir: 1917. godine samo na tom odseku se upisalo 273 učenika. A broj stalno zaposlenih profesora bio je pet – uključujući i direktora. Pored rada u školi Lanji je – kao regens chori – vodio i hor i orkestar u crkvi svete Terezije pa je i tamo izvršio neke promene tako da je popunjavanjem crkvenog – sada već gradskog – orkestra mogao da organizuje prvi simfonijski koncert u gradu i time je udario temelje Subotičkoj filharmoniji godine 1908. Lanji je i kao horovođa bio veoma uspešan. Subotički hor je pod njegovim vođstvom postao jedan od najboljih horova u Mađarskoj. Ernest Lanji je značajna ličnost mađarske kulture s početka 20. veka, koji je u velikoj meri doprineo unapređivanju muzičkog života u gradu gde su sa Subotičkom filharmonijom kao solisti svirali umetnici svetskog glasa kao što su: Bela Bartok, Pablo Kazals i mnogi drugi.
Po završektu svetskog rata Subotica je bila pripojena SHS Kraljevini, a na čelo muzičke škole bio je postavljen jedan rođeni Subotičanin – raniji direktori to nisu bili: Cvetko Manojlović, isti taj Manojlović koji je zajedno sa Biničkim i Mokranjcem u Beogradu osnovao prvu srpsku muzičku školu 1899. godine i time postao prvi značajniji nastavnik klavira u Srbiji. On je svoje muzičke studije započeo u Subotici a završio u Lajpcigu. Cvetko Manojlović je položaj direktora od Lanjija preuzeo 1. oktobra 1919. Nastava u školi je uglavnom tekla po planu i programu iz doba prethodnog direktora – sa tom razlikom što je niža škola sad trajala četiri godine, a srednja čak šest – samo što su se primili novi nastavnici jer je broj upisanih i dalje rastao. Školske 1922/23. godine stanje je bilo sledeće: klavir – 312 učenika, violina – 93 učenika, viola – 1 učenik, solo pevanje – 26 učenika, nauka o harmoniji (kasniji teoretski odsek): 9 učenika, što je ukupno 238 devojaka i 160 dečaka. U godinama velike ekonomske krize taj broj je znatno opao tako da se već razmišljalo i o zatvaranju muzičke škole, do čega ipak nije došlo.
U periodu između dva svetska rata u subotičkoj muzičkoj školi su započeli svoje muzičke studije mnoga poznata imena u posleratnoj Jugoslavaiji: Aleksandar Segedi, Ivan Pinkava, Ljudevit Pap, Milan Dimitrijević – violina, Ladislav Palfi, Karlo Krombholc, Kora Pataki – klavir, Dušan Miladinović – dirigent, i drugi. Po odlasku Manojlovića u penziju položaj direktora je preuzeo Jožef Herman, profesor violine, koji je tu bio radio već nekih dvadesetak godina.
Za vreme drugog svetskog rata u subotičkoj muzičkoj školi su se zaposlili profesori dovedeni iz Mađarske a na čelo ustanove bio je postavljen Ištvan Semler, koji je diplomirao na muzičkoj akademiji u Budimpešti na odseku violine. Nastava se izvodila prema planu i programu koji su se primenjivali na celoj teritoriji Mađarske. Najznačajnija novina je bila uvođenje tzv. muzičkog zabavišta.
Rat se u Subotici praktično završio u oktobru 1944. godine, tako da je muzička škola posle kraćeg prekida već u januaru iduće godine mogla da nastavi sa radom.
Prvi posleratni direktor škole bio je Željko Straka koji je ovaj položaj 1947.godine prepustio Kori Milko (rođ. Pataki) u ono vreme već renomiranoj klaviristkinji. Ona je školom upravljala, sa malim prekidom, do 1966.
Suboticu je u prvim posleratnim godinama karakterisao veoma bogat muzički život, a u centru zbivanja nalazila se muzička škola koja je bila organizator svih koncerata u gradu. Subotička filharmonija je organizaciono takođe pripadala muzičkoj školi. A u školi pored instrumenata mogao se učiti i balet, a u operskom studiu i gluma. Na svečanoj priredbi koja je bila održana povodom 80-ogodišnjice postojanja muzičke škole – 31. marta 1948. godine – učenici škole su izveli dobar deo opere „Nikola Šubić Zrinski“ od Ivana Zajca.
Subotička muzička škola je među prvima uvela tzv. neklasične – ali veoma popularne – instrumente kao što su tambura i harmonika. Danas se u ovoj školi mogu učiti i instrumenti koji se koriste prilikom izvođenja džeza (saksofon, bubnjevi i sl.).
Ovo je jedina muzička škola u zemlji gde se nastava izvodi i na srpskom i na mađarskom jeziku.
Posle Kore Milko školom su upravljali: Josip Peić (1968-1975), Geza Šandor ( 1975-1979), Ištvan Balaž Piri (1979-2002), Katarina Skenderović (2002-2004), Ištvan Antal (2004-2012), Edita Barlai (2012-2017). Od 2017. godine tu funkciju obavlja Dragana Nikolić.